Los jugadores se reparten en dos equipos, intentando compensar las aptitudes de espía y el número de personas. Para una partida normal se necesitan al menos cuatro jugadores (2 equipos de 2 personas), aunque existen variantes para dos o tres jugadores. Cada equipo deberá elegir un jugador para que sea el jefe de la red de espionaje. Los dos jefes de espías se sentarán en el mismo lado de la mesa y podrán ver la disposición de todos los espías secretos y del asesino. El resto de jugadores se sentarán enfrente de sus jefes y harán las veces de agentes de campo. Entre ambos, se despliegan 25 tarjetas con una palabra impresa, formando un cuadrado de 5×5.
Los jefes de espías se irán alternando para aportar pistas compuestas por una sola palabra. Una pista puede relacionarse con varias de las palabras que hay sobre la mesa. Los jefes tendrán que decir un número, que indicará a sus compañeros de equipo cuántos nombres en clave están relacionados con esa pista. Los agentes de campo intentarán adivinar a qué palabra o palabras se refiere su jefe. Cuando un agente toque una palabra, el jefe de espías revelará su identidad secreta. Si se trata de uno de sus agentes, estos podrán seguir adivinando hasta que se queden sin ideas para la pista que les han dado o hasta que señalen una persona que no sea de su equipo; si fallan o se detienen, empezará el turno del equipo rival. El primer equipo en contactar con todos sus agentes ganará la partida. Pero… ¡Mucho cuidado! Si desvelan la carta del asesino, el juego termina de forma inmediata, perdiendo la partida el equipo que la desvele.
Los jefes de espías deberán evitar mostrar sus emociones, limitarse a decir la pista y el número.
Código Secreto tiene un último elemento: el reloj de arena. En cualquier momento, un jugador puede activar el reloj de arena cuando considere alguien, incluso él mismo, está tardando mucho en realizar sus pesquisas ¡Esto hace que el juego sea mucho más dinámico!